Идея создания всемирного хранилища посадочного материала сельскохозяйственных культур появилась в 1980-х годах. Первый склад-хранилище был создан в 1984 году в заброшенной шахте далеко от Шпицбергена организацией The Nordic Gene Bank, но это помещение не имеет отношения к хранилищу судного дня, которое открылось в 2008 году. Строительство велось за счёт норвежской стороны, власти этой страны в сотрудничестве с Global Crop Diversity Trust и NordGen сейчас управляют банком и несут ответственность за сохранность семян.
Вообще банки семян в разное время были построены в некоторых странах, но хранилище на Шпицбергене собирает запасные образцы, оно служит для подстраховки на случай, если государственные запасы нельзя будет использовать. Шпицберген - сейсмически спокойный, демилитаризованный и доступный для транспорта регион, поэтому он и был выбран для строительства мирового хранилища.